تهدف هذه المعاهدة الدولية، إلى صيانة الموارد واستخدامها بشكل عادل ومتكافئ حسب ما تنص عليه معاهدة التنوع البيولوجي، وذلك من خلال وضع التشريعات المناسبة لاستخدامها المستدام، وبإتباع سياسة زراعية تهدف تقوية البحوث واستنباط النباتات وترويجها وتدعيم الأصناف منها، وذلك بما لا يحد من حقوق الفلاحين، والالتزام باستكشاف وجمع وتوثيق الموارد الوراثية.

وتتعهد الأطراف المتعاقدة بوضع استراتيجية تمويلية لتمكين الدول النامية من الموارد المالية التي توفرها الدول المتقدمة للقيام بالخطط وتنفيذ البرامج ذات الأولوية.